Ook insecten kunnen onder invloed van frequent gebruik van bestrijdingsmiddelen, resistentie opbouwen.

Dat betreft niet alleen het al eerder genoemde Bt-toxine, maar ook andere middelen die (te) veel worden gebruikt.
Een van de gevolgen van het telen van Bt-gewassen is bijvoorbeeld, dat daarop in eerste instantie niet gespoten wordt, maar dat er zich ondertussen insecten kunnen ontwikkelen die niet gevoelig zijn voor Bt-toxine. Die insecten springen vervolgens over naar naburige gewassen en moeten daar alsnog bestreden worden om schade te voorkomen. Zo ontstaan er dus nieuwe plagen en wordt het aanvankelijke voordeel (niet spuiten in de Bt-gewassen) omgezet in een permanent nadeel: wel spuiten, en ook nog eens op veel grotere oppervlakken. De doses nemen ook steeds verder toe, naarmate de bestreden insecten resistent worden tegen de gebruikte giffen.

Benefits of Bt cotton counterbalanced by secondary pests? Perceptions of ecological change in China

Over de gezondheidsklachten verbonden aan het gebruik van Bt-gewassen gaan we het elders hebben.

Zie ook het volgende artikel.