De sojaboon (Glycine max) is een lid van de familie der Leguminosen (Vlinderbloemigen). Een familie met stikstofbindende eigenschappen, zo’n 65 á 70 miljoen jaar geleden ontstaan in de geologische Krijt-periode. Als we even van een zwart scenario uitgaan, kan de Roundup Ready Soya de hele familie der Leguminosen in zeer korte tijd besmetten met glyfosaat-resistentie. Heeft het glyfosaat-resistente gen echter nog waarde, als de met Roundup te bestrijden onkruiden resistent zijn geworden?
In het wild heeft glyfosaat-resistentie sowieso geen waarde, maar ook de rest van het hele pakket veranderde eigenschappen van RR-soja kan net zo snel worden doorgegeven aan andere Leguminose-soorten. Zie verder hieronder. Hoe snel de eigenschappen van RR-soja kunnen overspringen op andere Leguminosen weten we (nog) niet, want over de mechanismen van verspreiding is maar weinig bekend. Als de verspreidingssnelheid van gg-koolzaad in Canada daarvoor een indicatie is, dan mag het ergste gevreesd worden. De genetische verandering van 1 soort kan enorme, onherstelbare schade gaan toebrengen aan een hele plantenfamilie, met onvoorstelbaar hoge maatschappelijke kosten voor de voedselvoorziening van de wereldbevolking in de toekomst.

Hoe zinvol is het veranderen van genetische eigenschappen dus , als de natuur dit geknutsel met het grootste gemak inhaalt?

De universiteit van Arkansas stelde in 2003 vast dat het wortelstelsel van Roundup Ready Soya minder goed ontwikkeld was dan normale soja, en dat dit gedurende droge jaren zelfs kon oplopen tot 25%. De daardoor optredende oogstverliezen zijn recht evenredig met het afgenomen wortelvolume.

Een ander nadeel van RR-soja is de verminderde capaciteit om stikstof te binden, hetgeen juist een van de grote voordelen van Leguminosen genoemd kan worden: stikstofbinding uit de lucht vermindert de hoeveelheid bemesting die met andere methoden moet worden opgebracht.

Een derde nadeel is dat de stengels van de RR-soya sneller houtig worden en splijtgevoelig worden, waardoor ziektekiemen de planten sneller kunnen binnendringen en de plant moeilijker zijn volledige opbrengstpotentieel kan realiseren.

Daar bovenop komt dan nog het directe nadeel van het spuiten met Roundup, dat onkruiden aanzet tot het ontwikkelen van glyfosaat-resistentie . Er is al sinds enige tijd een super-onkruid (het zg. ‘pigweed’) ontstaan in de VS, dat alleen nog maar gevoelig is voor 2,4-D, een middel verwant aan het 2,4,5-T.  Samen zijn beide middelen als cocktail bekend, onder de naam Agent Orange, dat in de Vietnam-oorlog werd gebruikt en -hoe toevallig- ook door Monsanto werd geproduceerd.
Het oprukkende pigweed heeft in een aantal staten in Amerika (Arkansas, Georgia, North and South Carolina, Tennessee, Kentucky en Missouri) al meer dan een miljoen hectare landbouwgrond bestemd voor katoen en sojabonen onbruikbaar gemaakt. Alleen al in 2007 zijn daar 10.000 hectares bijgekomen. Het probleem is dat de stengels van de super-onkruiden zo dik en hard zijn dat machines erop stuk gaan. Het gevolg daarvan is dat de boeren eigenlijk maar twee alternatieven hebben: of het onkruid met de hand verwijderen, of het land gewoon aan zijn lot overlaten. Dat laatste gebeurt in de meeste gevallen. Monsanto zegt daarover dat de schuld bij de boeren ligt: die spuiten teveel. Het is een van de typische Monsanto-trekjes: de boeren zijn altijd de schuld. Ondertussen is het kwaad echter al geschied: er moet een vervangend middel komen voor Roundup. Volgens Monsanto duurt dat nog wel tot 2015.