Tegenover elk pro-GGO argument staat ook een mogelijk nadeel. Dit zijn de belangrijkste argumenten tegen GGO’s:

• Resistentie. Dat GGO-gewassen resistent zijn tegen allerhande ziektes, houdt ook een risico in: dat het gewas gaat woekeren en alle andere varianten uitroeit. Als er nog maar één variant van bijvoorbeeld mais groeit op de wereld, en er komt toch een plaag waartegen dat gewas niet bestand is, dan wordt meteen het hele gewas uitgeroeid en creëren we een nieuw hongerprobleem.
• Gevaar van overdracht. Velden waarop GGO’s worden gekweekt, zijn niet geïsoleerd, en kunnen hun materiaal dus overdragen naar andere gewassen via kruisbestuiving door de wind en insecten. Dat kan twee gevolgen hebben: het uitroeien van de andere soort zoals hierboven beschreven, of het creëren van een nieuwe kruising met onbekende gevolgen.
• Monopolie. Alle argumenten die gentech-bedrijven gebruiken rond het bestrijden van hongersnood, verdoezelen één feit: die bedrijven hebben een patent op hun variant van een gewas, en zijn dus de enigen die het mogen verkopen. Dat betekent dat zij stevig munt slaan uit het ‘bestrijden’ van de hongersnood. Bovendien kunnen ze die hongersnood ook zelf in stand houden: de meeste van deze GGO-gewassen zijn niet vruchtbaar, je kunt dus niet de zaden opnieuw planten en een nieuw gewas doen groeien. Dat betekent dat boeren telkens opnieuw zaad moeten aankopen van het betreffende bedrijf. De bedoelingen van de meeste gentech-bedrijven zijn dus heel wat minder altruïstisch dan ze doen uitschijnen.
• Risico-analyse. De meeste anti-GGO activisten argumenteren vooral dat er nog te weinig research is naar de invloed op lange termijn van GGO-gewassen, en dat het dus gevaarlijk is ze algemeen te gaan gebruiken voor we er genoeg onafhankelijke info over hebben.